ساختار نظام جمهوری اسلامی ایران از همان ابتدای برگزاری رفراندوم و بعد از آن تشکیل خبرگان قانون اساسی با نقاط ابهام بسیاری همراه بود. جدال بین ایجاد یک «مدینه فاضله» به عنوان یک آرزوی اسلامی یا «آرمان‌شهر» به عنوان یک آرزوی دموکراتیک تضادی مفهومی در ایجاد ساختار نظام را فراهم کرد. این تضاد را روح‌الله خمینی پیش از ورود دوباره‌اش در قامت «رهبر انقلاب اسلامی» در مصاحبه با فایننشال تایمز بیان کرد و به صراحت گفت: «جمهوری، فرم و شکل حکومت را تشکیل می دهد و اسلامی، یعنی محتوای آن فرم، قوانین الهی است.» او در جایی دیگر در مصاحبه با لوموند هم به ساختار نظام مورد نظرش پس از پیروزی انقلاب اشاره کرد و گفت: «جمهوری، به همان معنایی است که همه جا جمهوری است. لکن این جمهوری بر یک قانون اساسی ای متکی است که قانون اسلام است.»
این نگاه خمینی در مجلس خبرگان قانون اساسی به شکلی پیش رفت که اتکای نظام نه بر جمهوریت بلکه بر اسلامیت آن بنا نهاده شد. حتی کار به جایی کشید که در پیام آغاز به کار مجلس خبرگان قانون اساسی به صراحت گفت: «قـانـون اسـاسـی و سـایـر قـوانـیـن در ایـن جـمـهـوری بـایـد صـد درصـد بـر اسـاس اسـلام بـاشـد. و اگـر یـک مـاده هـم بـرخـلاف احـکـام اسـلام بـاشـد، تـخـلـف از جـمـهـوری و آراء اکـثـریـت قـریـب بـه اتـفـاق مـلـت اسـت.» از اینجاست که ساختار نظام نه بر مبنای پیش‌نویس‌های تهیه شده با الهام از قوانین اساسی فرانسه و بلژیک بلکه بر اساس نظریه «ولایت فقیه» روح‌الله خمینی شکل گرفت.
در تمام این سال‌ها صورت نظام و ساختار نظام با همان چالش ابتدای انقلاب اسلامی روبرو بود؛ نظام برای ویترین خود نیازمند برگزاری انتخابات بود و بر آن تاکید داشت اما همزمان با آن برای رسیدن به نقطه مطلوب خود تلاش کرد. این تلاش پس از رهبری علی خامنه‌ای شکلی متفاوت به خود گرفت. هرچقدر روح‌الله خمینی به کار تشکیلاتی و ایجاد ساختارهای اداری باور نداشت و این بارو را در ساختار بیت خودش نیز انجام داد. بیت کوچکی با حداکثر ۳۰ کارمند و کارگزار که تمام امور را به صورت سنتی مدیریت کرد جای خود را به دستگاه سازماندهی‌شده دفتر رهبر جمهوری اسلامی در دوره علی خامنه‌ای داد.
ظهور و بروز دفتر علی خامنه‌ای در جزییات امورات اجرایی و سیاست‌گذاری مراحل مختلفی را طی کرده است. این مسیر همزمان برگزاری ادوار مختلف انتخابات در ایران تغییرات محسوسی به خود دید. نه تنها دفتر که حتی خود علی خامنه‌ای در سال‌های ابتدایی زیر سایه اکبر هاشمی رفسنجانی قرار داشت، رئیس جمهور پرنفوذی که بسیاری بر این باورند اگر پایه‌ای ترین عامل انتخاب علی خامنه‌ای به عنوان جانشین روح‌الله خمینی نباشد حتما یکی از پایه‌ای‌ترین نقش‌ها را داشت. نفوذ و قدرت هاشمی هم در این میان بی‌اثر نبود اما رویکرد هاشمی با شعار توسعه اقتصادی و تمرکز صرف بر بازسازی ایرانِ جنگ‌زده فضای بازی را در اختیار خامنه‌ای و دفترش گذاشت تا امور سیاسی، امنیتی و فرهنگی آن دوره را مدیریت کند.
با این حال رابطه این دو به شکلی بود که حتی هاشمی در خاطرات خود به صراحت گفت: «حاضرم کاغذ سفید را امضا کنم و ایشان هر چه مى‌خواهند، بنویسند و از پیش تعهد مى‌کنم که حرف ایشان را قبول دارم». هاشمی در این دوره بر این باور بود که اولویت بازسازی بر هر امری دیگری ارجح است و تا پایان دوره ۸ ساله ریاست جمهوری‌اش هم بر همین اصل باقی‌ماند تا اینکه دولت را به سید محمد خاتمی که با شعار توسعه سیاسی پیروز رقابت انتخاباتی سال ۷۶ شد واگذار کرد.
مرور خاطرات هاشمی در این سال نشان می‌دهد که خاتمی و نزدیکانش مشورت بسیاری از او در مورد تعیین کابینه و نیروهای اجرایی گرفته‌اند و گلایه‌هایشان از نفوذ علی خامنه‌ای در تشکیل کابینه را پیش او می‌بردند. آنها شاید امیدوار بودند که هاشمی از کلید طلایی خود برای حل مشکلات استفاده کند اما نتیجه کابینه اول نشان می‌دهد که این کلید قفل‌های چندانی را باز نکرده بود. از انتخاب وزیر اطلاعات که صراحتا چهارده گزینه پیشنهادی خاتمی از سوی خامنه‌ای رد می‌شود و لیست ۴ نفره‌ای شامل ری‌شهری، رئیسی، یونسی و رازینی روی میز رئیس جمهور قرار می‌گیرد و هاشمی در خاطراتش می‌نویسد: «گویا آقای خاتمی با این روش مشکل دارد». حتی بعد از قتل‌های زنجیره‌ای در دوره دری نجف آبادی و جایگزینی او با علی یونسی اختلافات بر سر مدیریت وزارت اطلاعات ادامه دارد تا جاییکه یونسی شکایت خود را به علی خامنه‌ای می‌برد. جایی که خاتمی اصرار دارد معاونان وزارت با مشورت خسرو تهرانی و علی ربیعی (معتمدان امنیتی او) تعیین شوند و یونسی می‌گوید: «در این صورت من وزیر نیستم و آن دو نفر وزیر اطلاعات هستند». بعد از تایید دوباره خامنه‌ای این محمد خاتمی است که عقب نشینی می‌کند و کمترین نفوذ رئیس جمهور در وزارت اطلاعات را به رهبر جمهوری اسلامی واگذار می‌کند. این مسیر در امور دیگر کم و بیش ادامه در تمام این سال‌ها ادامه داشت.
در عرصه فرهنگی هم با اینکه گفته می‌شود خود علی خامنه‌ای حضور عطاء‌الله مهاجرانی را پیشنهاد داده بود اما مخالفت با سیاست‌های فرهنگی دولت خاتمی شدت گرفت. کار به جایی کشیده بود که حتی او در مورد جایزه کتاب سال هم اعمال نفوذ می‌کرد و با گزینه‌هایی همچون محمود دولت‌آبادی مخالفت کرد و صراحتا گفت که چرا وزارت علوم اردوی دانشجویی در کیش برگزار می‌کند. ورود خامنه‌ای و دفترش به جزئیات امنیتی و فرهنگی یک رسم دیرین بود که در این دوره بیشتر به چشم آمد و خامنه‌ای حتی ابائی از بیان مخالفت یا انتقاد از سیاست‌های دولت خاتمی نداشت.
انتخابات ۸۴؛ پرده‌ها می‌افتند
خامنه‌ای در تمام سال‌های ریاست جمهوری‌اش بر اهمیت کار تشکیلاتی تاکید داشت و نزدیکی او با فرماندهان ارتش او را در این مسیر تقویت کرد. تجربه او در دوران رهبری از همان ابتدا به کار گرفته شد و ساختار دفتر رهبر جمهوری اسلامی به یک حاکمیت موازی با دولت‌های مستقر بدل شد، دفتری که نفوذ و عملکردش در دوره‌های مختلف فراز و فرودی داشت که از سال ۱۳۸۴ عیان‌تر شد. مهدی کروبی برای اولین بار صراحتا از نقش مجتبی خامنه‌ای سخن به میان می‌آورد که در فاصله سه روز مانده به انتخابات چگونه تمام حمایت‌ها از محمدباقر قالیباف را به سمت محمود احمدی‌نژاد هدایت می‌کند. جمله مشهور نقل شده از علی خامنه‌ای که «ایشان [مجتبی خامنه‌ای] آقاست نه آقا زاده» در این نامه آمده است. بسیاری بر این باورند سرنوشت مهدی کروبی چه در آن دوره از انتخابات چه در دور بعد که میزان رای اعلام شده او از میزان آراء باطله کمتر بود به دلیل افشای همین نقش‌ها بود.
هرچه هست حالا دولت احمدی نژاد با هدایت مشخص دفتر رهبر جمهوری اسلامی و مجتبی خامنه‌ای سر کار آمده است. نگاهی به کابینه احمدی‌نژاد نشان می‌دهد اکثر افراد دولت اول او نزدیکان به رهبر جمهوری اسلامی یا نهادهای زیر نظر او (مشخصا سپاه پاسداران) است. احمدی نژاد به همراه وزیرانش «میثاق‌نامه دولت اسلامی» را امضا می‌کنند و به این ترتیب خود را «دولت اسلامی» خطاب می‌کنند. این کلید واژه بعدها با توجه به رابطه معنوی دولت اول او با روحانیونی همچون مصباح یزدی که نظریه دولت اسلامی را ترویج می‌کردند اهمیت پیدا می‌کند.
گذر از جمهوریت نظام اسلامی و حرکت به سمت دولت اسلامی بخشی از آرزوی دیرین بخشی از روحانیت شیعه بود که در سال‌های قبل از آن فرصت ظهور پیدا نکرد. نفوذ بالای سیاسی هاشمی و رای بالای خاتمی با شعار توسعه سیاسی امکان این را نمی‌داد تا به صراحت جمهوریت زیر سوال برود.
در تمام این سال‌ها نهادهایی شکل گرفته که به اسم مشورت کار خود را آغاز کردند و به تدریج تبدیل به نهادهای بالادستی برای دولت و مجلس شد و همزمان ستادهایی هم ظهور کرد که کار آنها دقیقا سیاست‌گذاری بر اساس نگاه علی خامنه‌ای بود. به تدریج سپاه پاسداران چه در قامت وزرای کلیدی احمدی‌نژاد قد علم می‌کنند و چه به صورت مستقیم و غیرمستقیم قراردادهای کلیدی کشور به دست قرارگاه‌های این نهاد نظامی می‌افتد. ابلاغ سیاست‌های اصل ۴۴ قانون اساسی از سوی خامنه‌ای در همان خرداد ۱۳۸۴ فضای مناسبی را فراهم ساخت تا به اسم خصوصی‌سازی بخش بزرگی از بخش دولتی به دست نیروهای نظامی که تمکن مالی ممکن داشته یا از رانت‌های مرسوم استفاده کردند بیفتد، مسیری که بعدها به اصطلاح «خصولتی» معروف شدند.
اینجاست که سپاه پاسداران که پیش از این حتی در افتتاح فرودگاه جدید بین‌المللی تهران وقتی نتوانست خاتمی را مجاب به عدم بهره بردن از یک شرکت بین‌المللی ترکیه کند نیازی به پرده پوشی ندید و علنا روی باند فرودگاه لشکرکشی کرد. حالا دیگر آن صراحت برای لشکرکشی نبود بلکه به اسم قانون تمام نیازهای سپاه پاسداران و نهادهای نزدیک به علی خامنه‌ای تامین می‌شد. آن سیاست‌های اصل ۴۴ به حدی پیش رفت که ۸۳ درصد دارایی‌های دولتی به بخش «شبه دولتی» واگذار شد که اکثریت این بخش را مجموعه‌های زیر نظر سپاه پاسداران بدست آوردند. بی‌راه نبود که اکبر هاشمی رفسنجانی در فروردین ۱۳۹۲ چند ماه پیش از پایان کار دولت دوم احمدی‌نژاد به صراحت در مورد سپاه پاسداران گفت: «حالا سپاه نبض اقتصاد، و سیاست خارجه و داخله را در دست گرفته و به کمتر از کل کشور راضی نیست».
در این دوره نقش دیگر فرزندان علی خامنه‌ای (میثم و مسعود) در دفتر رهبر جمهوری اسلامی بیشتر می‌شود. دفتر حفظ و نشر آثار به یک نهاد فرهنگی در دفتر تبدیل می‌شود. معاونت نظارت و حسابرسی، نقش خود در مدیریت اقتصادی دفتر و نهادهای غیرنظامی زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی را بدست می‌گیرد و در واقع خزانه‌دار رهبر جمهوری اسلامی خرجش را از دولت مستقر جدا می‌کند، گروه بررسی‌های اقتصادی هم در این دوره نقشی پررنگ‌تر می‌گیرد تا با مشاوره دادن اقتصادی به رهبر جمهوری اسلامی توان نفوذ دفتر او در سرمایه‌گذاری و کنترل منابع را سامان دهد. از اینجاست که به تدریج نام وحید حقانیان به عنوان «معاون امور ویژه دفتر رهبر جمهوری اسلامی ایران» بیشتر از همیشه شنیده می‌شود، فردی که در بسیاری از تصاویر دیدارهای علی خامنه‌ای در کنار او حضور دارد و بسیاری او را تنها محافظ خامنه‌ای می‌دانستند. اما هرچقدر دولت احمدی‌نژاد جلوتر می‌رفت نام و چهره حقانیان در امور دولتی و حتی جلسات هیات دولت نیز شنیده می‌شد. او مامور ویژه خامنه‌ای برای پرونده‌ها و موضوعاتی بود که پیام‌های شفاهی رهبر جمهوری اسلامی به مثابه «کپی برابر اصل» منتقل می‌شد.
انتخابات ۸۸؛ بازی عوض می‌شود
انتخابات ۸۸ فارغ از تمام تبعات آن با اعلام نتیجه‌ای که منجر به ماه‌ها اعتراض خیابانی شد ورقی دیگر در نقش و نفوذ خامنه‌ای و دفترش داشت. نقش وحید حقانیان در شب انتخابات و روزهای بعد از آن پررنگ‌تر شد به نحوی که ابوالفضل فاتح از مشاوران میرحسین موسوی نامه محرمانه او خطاب به خامنه‌ای تحویل حقانیان می‌دهد اما «حاج وحید» در پاسخ او می‌گوید از دید خامنه‌ای انتخابات «تمام شده است». حضور وحید حقانیان در مراسم تحلیف دوباره محمود احمدی‌نژاد که عموما رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام یا رئیس مجلس خبرگان رهبری حضور داشتند به نوعی نمایش خامنه‌ای برای معرفی «مامور امور ویژه» خود بود. در دوره اول محمود احمدی‌نژاد توانسته بود از علی خامنه‌ای امتیازات مهمی نیز دریافت کند که یکی از آنها کمرنگ کردن نقش علی‌اصغر حجازی بود؛ فردی که زمانی قائم مقام دفتر رهبر بود و بسیاری او را اطلاعاتی-امنیتی‌ترین فرد دفتر می‌دانند. اما پس از انتخابات ۸۸ ناگهان نام او بار دیگر بر سر زبان‌ها افتاد، جاییکه محمود احمدی‌نژاد اصرار داشت اسفندیار رحیم مشایی را به عنوان معاون اول خود معرفی کند. بسیاری بر این باورند افشای دستخط علی خامنه‌ای در مخالفت با این انتصاب توسط حجازی انجام گرفته و فاصله یک هفته‌ای صدور نامه تا انتشار رسمی آن ناشی از تمام رایزنی‌هایی بود که احمدی‌نژاد امید داشت به پشتوانه نفوذ دور اولش بتواند آن حکم را بشکند. اما ناراحتی حجازی از احمدی‌نژاد را می‌توان در خاطرات محمدی ری‌شهری نیز پیدا کرد جاییکه احمدی‌نژاد و مشایی (رئیس وقت سازمان میراث) به دنبال الحاق سازمان حج و زیارت به سازمان میراث فرهنگی بودند. تصمیمی که خامنه‌ای در دو نامه مستقیم خطاب به احمدی‌نژاد با آن مخالفت کرده بود اما او هیچ ترتیب اثری نداد. ری‌شهری در کتاب خاطرات خود به دیدارش با حجازی در «حسینه کوثر (شهرک قائم)» (۱۸ اردیبهشت ۸۸) اشاره می‌کند که از او می‌پرسد که چرا احمدی‌نژاد به نامه‌های خامنه‌ای توجه نمی‌کند و او پاسخ می‌دهد: «گویی مشایی آقای احمدی‌نژاد را سحر کرده و همه دوستانش هم از ایشان ناراحت هستند و ما نمی‌دانیم چرا این‌طور می‌کند». این دیدار ۵ روز بعد از سومین نامه خامنه‌ای در مورد سازمان حج و زیارت است؛ به این معنی بسیاری از حامیان ۴ ساله نخست ریاست جمهوری احمدی‌نژاد از جدا شدن خط او از دفتر خامنه‌ای مطلع بودند اما بسیاری از آنها حتی حجازی به این درجه رسیده بودند که « البته نمی‌خواستم کار به اینجا بکشد، ولی به‌هرحال کشیده شد». از اینجاست که دفتر خامنه‌ای با احتیاط سیاست کنترل احمدی‌نژاد را در دستور کار قرار می‌دهند. اما به نظر نمی‌رسید این فرزند پرورش یافته دست مجتبی خامنه‌ای و دفتر رهبر جمهوری در دور دوم ریاست جمهوری‌اش که سایه حمایت تمام قد علی خامنه‌ای در تایید نتایج پرچالش انتخابات ۸۸ را داشت خیلی سر سازگاری داشته باشد.
بهار ۹۰، پسر مستقل و پدری خشمگین
محمود احمدی‌نژاد بعد از انتخابات سال ۸۸ رویکرد متفاوتی را در قبال علی خامنه‌ای پی‌گرفت. کار به جایی کشید که گفت: «رابطه ما با مقام معظم رهبری از جنس اعتقادی و پدر پسری است». در نگاه اول شاید بیان این رابطه نزدیکی رابطه رئیس جمهور و رهبر جمهوری اسلامی را نشان دهد اما در ساختار جمهوری اسلامی رابطه بر اساس «الزام عملی از ولایت فقیه» تعریف شده و بحث از مناسبات پدر و پسری یا عرفان مراد و مریدی عبور کرده است. بیان این نگاه مورد انتقاد بسیاری از سوی حامیان آن سال‌های احمدی‌نژاد قرار گرفت تا اینکه ماجرا به ۲۸ فروردین ۱۳۹۰ رسید. حیدر مصلحی که در دولت دوم احمدی‌نژاد به عنوان وزیر اطلاعات تایید خامنه‌ای را گرفته بود در یک روز استعفا داد، همان روز رئیس جمهور استعفا را پذیرفت و البته کمتر از دو ساعت نگذشت که رهبر جمهوری اسلامی آن تایید استعفا را رد کرد و وزیر را دوباره منصوب کرد. یکبار دیگر احمدی‌نژاد، خامنه‌ای را در برابر عملی انجام داد که مجبور شد او از حکم حکومتی‌اش علنی استفاده کند. مخالفت خامنه‌ای با تصمیم احمدی‌نژاد به قهر ۱۱ روزه او و خانه‌نشینی‌اش منتج شد، در این مدت نزدیکان خامنه‌ای در دیدارهای جداگانه به دنبال مراسم آشتی‌کنان بودند. در این میان حرف و حدیث از شرط و شروط احمدی‌نژاد برای بازگشت به پاستور بسیار مطرح شد. یکی از آنها سه شرط ۱) قبول معاون اولی مشایی ۲) قبول برکناری مصلحی ۳) برکناری سعید جلیلی (دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی) بود. هر سه این شروط پذیرفته نشدند. این موضوع را که همان موقع مطرح بود یکسال بعد حیدر مصلحی در مصاحبه با خبرگزاری فارس تایید کرد.
از اینجاست که به نوعی به فرمان خامنه‌ای و با هدایت دفترش صف نیروهای وفادار به ولایت فقیه از احمدی‌نژاد جدا می‌شود و فصل جدیدی از حضور مقامات بیت رهبر جمهوری اسلامی در مناسبات سیاسی دیده می‌شود. بار دیگر در محافل امنیتی حضور علی اصغر حجازی محسوس می‌شود، برای برکناری عبدالله جاسبی، رئیس پر نفوذ دانشگاه آزاد وحید حقانیان حضور پیدا می‌کند و به تدریج سرداران منصوب خامنه‌ای در سپاه پاسداران سرنیزه‌های خود را علیه احمدی‌نژاد بیرون می‌کشند.
از بهار ۹۰ تا پایان دوره ریاست جمهوری احمدی‌نژاد سپاه پاسداران نقشی کلیدی در کنترل اوضاع بر عهده می‌گیرد. از اینجاست که ترمی جدید در ادبیات سیاسی جمهوری اسلامی با عنوان «جریان انحرافی» شکل می‌گیرد. بعد از آغاز اینکه برخورد با این جریان در دستور کار سپاه پاسداران و نهادهای امنیتی نزدیک به دفتر علی خامنه‌ای قرار می‌گیرد نیروهای سیاسی نزدیک به خامنه‌ای صف بندی مشخص خود با احمدی‌نژاد را در تشکیل «جبهه پایداری» نشان می‌دهند. جبهه‌ای که پدر معنوی‌اش (بخوانید پدرخوانده) همان کسی بود که می‌گفت: «امام عصر برای احمدی نژاد دعا می‌کند و انتخاب او از کرامات و معجزه است». محمد تقی مصباح یزدی دست رهبری بر سر وزرای سابق احمدی‌نژاد و نزدیکان علی خامنه‌ای کشید تا یک جریان سیاسی به روشنی خود را مستقیم و غیرمستقیم وامدار رهبر جمهوری اسلامی معرفی کند. از اینجاست که «جبهه پایداری» همسنگ با «جریان انحرافی» در تحولات سیاسی ایفای نقش می‌کند یکی نماد خامنه‌ای و دیگری احمدی‌نژاد.
تابستان ۹۰؛ برادران قاچاقچی وارد می‌شوند
علی خامنه‌ای در دوران ریاست جمهوری‌اش رابطه بسیار نزدیکی با فرماندهان ارتش داشت، هرچقدر او به ارتش نزدیک بود هاشمی رفسنجانی رابطه‌اش با فرماندهان سپاه پاسداران نزدیک بود. اما این رابطه در دوران رهبری شکل دیگری به خود گرفت. خامنه‌ای از همان ابتدای رهبری‌اش رویکرد خود در دوران ریاست جمهوری را تغییر داد. اولین تغییر رویکرد را می‌توان با مخالفت او با ادغام ارتش و سپاه پاسداران دید. طرحی که از زمان روح‌الله خمینی آغاز شده بود و هاشمی رفسنجانی با حکم او طرح اولیه را به عبدالله نوری سپرده بود. خامنه‌ای در یکی از اولین دستوراتش به عنوان رهبر جمهوری اسلامی گفت که «من اعتقادی به ادغام ارتش و سپاه ندارم و ارتش و سپاه دو بازوی مسلح انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی ایران هستند که باید به همین صورت باقی بمانند».
خامنه‌ای از همان موقع برای سپاه پاسداران نقشه‌ای بیشتر از یک نهاد نظامی در سر داشت. نقشه‌ای که در دوران هاشمی آنچنان پیگیر آن نبود چراکه سپاه پاسداران توسط دولت به وارد امور اقتصادی و بازسازی ویرانه‌های جنگ شده بود.
با روی کار آمدن محمد خاتمی اما زمین بازی برای سپاه پاسداران تغییر کرد و آنها به تدریج بازیگران عرصه سیاست شدند. همزمان با اعتراضات دانشجویی در تیر ۱۳۷۸ نامه مشهور با عنوان «کاسه صبرمان به پایان رسیده» نمودی کامل از این نقش است. سپاه پاسداران به فرمان خامنه‌ای از اینجاست که نقش سیاسی خاص خود در هدایت جریان‌های سیاسی را برعهده می‌گیرد، در این دوره «معاونت اطلاعات ستاد مشترک سپاه پاسداران» جایگزین «اداره اطلاعات» می‌شود و رویکرد جمع‌آوری اطلاعات در آن به مبارزه با «جریان نفوذ» و اقدام علیه «جنگ نرم» نیز بخشی از وظایف آن تعریف می‌شود. در دوره محمد خاتمی، سپاه پاسداران بخشی از جریان سرکوب فعالان سیاسی را بر عهده می‌گیرد و سازمان اطلاعات سپاه پاسداران به عنوان جریان موازی اطلاعاتی کشور با وزارت اطلاعات مشغول می‌شود.
در سال‌های ابتدایی دوره احمدی‌نژاد رابطه نهاد ریاست جمهوری و سپاه پاسداران در ارکان مختلف آن به نحوی بود که ۵ وزیر او مستقیما سابقه سپاهی داشتند و ۱۱ نفر دیگر مستقیم و غیرمستقیم با سابقه امنیتی مشغول به کار شده بودند. سپاه پاسداران نقش کلیدی خود در انتخابات احمدی‌نژاد در هر دو دوره ۱۳۸۴ و ۱۳۸۸ ایفا کرد. دستکم یک جلسه سخنرانی محمدعلی (عزیز) جعفری، فرمانده کل وقت سپاه پاسداران در مورد «خطر حضور دوباره اصلاح طلبان» نشان می‌دهد هدایت و مهندسی انتخابات سال ۸۸ برای پیروزی نامزد مطلوب رهبر جمهوری اسلامی چند روز پیش از برگزاری انتخابات آغاز شده بود. رابطه احمدی‌نژاد و سپاه بعد از «قهر ۱۱ روزه» وارد مرحله جدیدی شد. اختلاف به جایی کشید که احمدی‌نژاد در یک سخنرانی آنها را «برادران قاچاقچی» خطاب کرد.
با اینه این کنایه احمدی‌نژاد با واکنش‌های سرداران سپاه روبرو شد اما آرامش آنها نشان می‌داد که آنها تنها می‌خواهند ۲ سال آخر ریاست جمهوری احمدی‌نژاد را مدیریت کنند و همانطور که محمد یزدی بعدها به آن قهر و دیدارش در آن روزها اشاره کرد که «آقا [علی خامنه‌ای] هم گفتند که اگر نظام مسئولش من هستم که من تحمل کردم و شما [محمود احمدی‌نژاد] را این دو – سه ساله تحمل کردم». سال‌ها بعد جزوه‌ای با عنوان «استقامت در منطقه ممنوعه» توسط مجموعه «جبهه پایداری» منتشر شد که در آن نیز به شکلی دیگر نشان می‌دهد که خامنه‌ای به چه شکل رئیس جمهور را مدیریت کرده و تاکید دارد «حتی اگر او [محمود احمدی‌نژاد] خواست خودش را از پرتگاه پایین بیندازد، نباید گذاشت».
احمدی‌نژاد در ۴ سال دوم تحمل شد و حالا سپاه پاسداران خود را برای دور بعد ریاست جمهوری آمده می‌کرد. در این دوره علی سعیدی، نماینده علی خامنه‌ای در سپاه پاسداران نقشی پررنگ‌تر از قبل به خود گرفت و صریح‌تر از پیش به میدان آمد. او در مصاحبه‌ای تاکید کرد «وظیفه ذاتی ما [سپاه پاسداران] مهندسی معقول و منطقی انتخابات است». کار به اینجا ختم نشد و رمضان شریف، مسئول روابط عمومی کلی سپاه پاسداران گفت: «سپاه شفاف سازی و ارائه معیارها و شاخص های کاندیدای اصلح در عرصه انتخابات را همواره بمثابه یک رسالت انقلابی و وظیفه شرعی دنبال کرده است». آنها مشخصا نگران این بودند که بار دیگر چهره‌ای همچون احمدی‌نژاد را پرورش دهند که در روزهای آخر مجبور به تحمیل‌اش باشند.
خامنه‌ای دیپلمات می‌شود
در سال‌های پایانی دولت احمدی‌نژاد تحریم‌های جهانی علیه برنامه اتمی جمهوری اسلامی کمر اقتصاد ایران را خم کرد. جهش تورمی همزمان با خزانه خالی حتی ریسک آن را بالا برده بود که دولت از پرداخت حقوق کارمندان خود عاجز شود. در چنین شرایطی شخص علی خامنه‌ای به وزیر خارجه مجوز مذاکره مستقیم با نمایندگان ایالات متحده آمریکا در عمان را می‌دهد. تصمیمی که محمود احمدی‌نژاد و سعید جلیلی (دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی و مسئول مذاکرات هسته‌ای) با آن مخالف بودند. اما علی‌اکبر صالحی مدیریت این مذاکرات را برعهده می‌گیرد و نمایندگان ایران و آمریکا در سطح معاونان دیدار می‌کنند. این مذاکرات در حالی انجام گرفت که محمود احمدی‌نژاد در طول دوره ریاست جمهوری خود بارها تلاش کرده بود با مقامات آمریکایی تماس مستقیم بگیرد. در تنها یک نمونه در حاشیه مجمع عمومی سازمان ملل او از محمد جواد ظریف (نماینده وقت جمهوری اسلامی در سازمان ملل) خواسته بود مقدمات دیدار با چند سناتور آمریکایی را فراهم کند و ظریف صراحتا گفته «شما نمی‌توانید چنین تصمیمی بگیرید، این تصمیم را باید آقا بگیرند». این در حالیست همان زمان خود ظریف با مجوز علی خامنه‌ای اجازه دیدار با سناتورها و مقامات غیردولتی آمریکا داشت و تاکید داشت که «مورد توجه ویژه» رهبر جمهوری اسلامی بود.
بعد از انتخاب حسن روحانی در انتخابات سال ۱۳۹۲ علی خامنه‌ای در سخنرانی مشهور خود از اصطلاح «نرمش قهرمانانه» استفاده کرد و همین سخنرانی او فضایی را فراهم کرد تا ظریف که سال‌ها معتمد رهبر جمهوری اسلامی بود اجازه یافت تا با وزیر امور خارجه آمریکا دیدار مستقیم داشته باشد. دیدارهایی که گاه به صورت مستقیم انجام شد تا قفل مذاکرات هسته‌ای شکسته شود.
در سال ۱۳۹۷ و در دور دوم یک پرده دیگر از نفوذ علی خامنه‌ای در تعیین نه فقط سیاست‌های کلی نظام بلکه جزئیات امور جاری برداشته شد. پس از سال‌ها گمانه زنی در مورد نقش خامنه‌ای در انتخاب وزرا، دفتر او صراحتا از این نقش سخن به میان آورد که «رویه ثابت در همه دولت‌ها، هماهنگی با رهبری در انتخاب وزیران دفاع، امور خارجه و اطلاعات بوده است». استدلال رهبر جمهوری این است که وزیر دفاع از آنجا که زیر مجموعه نیروهای نظامی است باید با هماهنگی «فرمانده کل نیروهای مسلح» یعنی شخص رهبر تعیین شود. در مورد وزیر خارجه هم تنها به این بسنده شد که وظیفه رهبر جمهوری اسلامی تعیین سیاست‌های کلی در امور سیاست خارجی است. اما سال‌ها بعد و بعد از انتشار فایل صوتی محمد جواد ظریف، او صراحتا گفت که «وزارت خارجه مجری سیاست‌های کلی» است. اما در مورد وزارت اطلاعات بعدها علی یونسی (وزیر سابق اطلاعات) به ماجرای دیدار خود با محمد خاتمی پیش از قبول وزارت اشاره کرد و در آن استدلال تعیین وزیر توسط رهبر جمهوری اسلامی را چنین بیان می‌کند: «گرچه وزارت اطلاعات در حال حاضر یک نهاد امنیتی است، اما اساس این وزارتخانه یک نهاد نظامی است و از دل نظامی‌ها درآمده است. عمده‌‌اش از سپاه آمده و بخشی هم از ارتش. این نیروها به اینجا نیامده تا کار اطلاعاتی بکنند، بلکه آمدهاند تا کار عملیاتی بکنند… آمدهاند ضد انقلاب را بگیرند و بکشند».
اما کار به اینجا ختم نشد و میزان نفوذ خامنه‌ای در تعیین وزرا به وزیران علوم، آموزش‌وپرورش و ارشاد هم کشیده است. با این حساب جز در حوزه اقتصادی، رهبر جمهوری اسلامی نقشی کلیدی در تعیین وزرا دارد، نقشی که دیگر حتی نیازی به پنهان کردن آن نمی‌دید. اما این عدم دخالت را می‌توان در ساماندهی و سازمان‌دهی نهادهای موازی اقتصادی دید که در سال‌های گذشته شریان اصلی اقتصاد ایران بدست گرفته است.
امپراطوری اقتصادی خامنه‌ای
وقتی بهمن ۱۳۹۸ محمدجواد ایروانی، معاون نظارت و حسابرسی دفتر علی خامنه‌ای گفت که شرکت‌های زیر نظر این دفتر به زودی وارد بورس می‌شوند، تاکید داشت که سهم این نهادها از اقتصاد کل ایران کمتر از هشت دهم درصد است. اما مروری به گذشته نشان می‌دهد که حتی معاونت حقوقی سپاه پاسداران در پاسخ بهزاد نبوی که گفته بود ۶۰ درصد اقتصاد ایران در اختیار چهار نهاد زیر نظر رهبری‌ست، گفت این سهم تنها دو درصد است.
در مورد درآمدهای این چهار نهاد (ستاد اجرایی، قرارگاه خاتم، آستان قدس و بنیاد مستضعفان) گزارش‌های متعددی منتشر شده اما هیچگاه حسابرسی آنها توسط معاونت نظارت و حسابرسی دفتر رهبر جمهوری اسلامی علنی نشده است.
خرداد ۱۳۹۲ وزارت خزانه‌داری آمریکا در یک مورد تحریم تنها ۳۷ شرکت تابعه ستاد اجرایی را تحریم کرد. همان موقع خبرگزاری رویترز در یک گزارش تحقیقی نشان داد که این شرکت‌های تحریم شده آنهایی هستند که ستاد بیشتر از ۵۰ درصد سهام در آنها دارد و ۲۴ شرکت دیگر است که سهم ستاد کمتر از این است. ۱۴ شرکت دیگر هم به صورت مستقیم و غیرمستقیم با سرمایه‌گذاری ستاد فعالیت می‌کنند که اطلاعات دقیقی از آنها در دست نیست. بر اساس این گزارش تنها ارزش دارایی‌های ستاد اجرایی بالغ بر ۹۵ میلیارد دلار (نزدیک به ۳۸۰ هزار میلیارد تومان) تخمین زده شده است. به این مهم باید توجه داشت که در سال‌های گذشته و همزمان با تشدید تحریم‌های آمریکا علیه برنامه اتمی جمهوری اسلامی سطح فعالیت‌های مجموعه نهادهای زیر نظر رهبر جمهوری افزایشی تصاعدی داشته است. راه اندازی هلدینگ‌ها، کنسرسیوم‌ها و گروه‌های توسعه که با داشتن توانایی مالی بالا امکان رقابت را از شرکت‌های داخلی گرفته به تدریج در سال‌های گذشته تبدیل به یک امپراطوری کنترل اقتصاد ایران بدل شده‌اند.
آستان قدس رضوی هم جدا از تمام درآمدهای ناشی از زیارت، نذر و صدقه بخش بزرگی از موقوفه‌های خود را اجاره داده و بر اساس آخرین آمار موجود نزدیک به ۳۲۰ هزار مستاجر دارد. تنها ارزش زمین‌های تحت تملک آستان نزدیک به ۲۰ میلیارد دلار تخمین زده می‌شود. از سال ۱۳۷۷ که «بنیاد بهره‌وری موقوفات» به راه افتاد مجموعه فعالیت‌های آستان شکل دیگری به خود گرفت و بعدها با بر اساس آمار رسمی «سازمان اقتصادی رضوی» ۳۶ شرکت در زمینه‌های مختلف از سرمایه‌گذاری تا انرژی و کشاورزی مشغول به فعالیت هستند. با اینکه «بنیاد بهره‌وری موقوفات» در سایت خود بخشی را به عنوان «شفافیت» قرار داده است اما مدل این شفاف‌سازی در عدم دسترسی به این بخش از سایت مشهود است. این فعالیت‌ها جدا از حدود ۴۵ شرکتی است که آستان در آنها سهام بالای ۵۰ درصد دارد.
بنیاد مستضعفان که فعالیت‌های خود را با مصادره اموال و دارایی‌ها نزدیکان دربار پهلوی و آنهایی که بعدها «ضد انقلاب» نامیده شدند آغاز کرد حالا به یکی دیگر از پایه‌های امپراطوری علی خامنه‌ای بدل شده است. بنا به گزارش رسمی خود بنیاد در سال ۱۳۹۵ میزان دارایی‌های آن به ۵۶ هزار میلیارد تومان می‌رسد. سوی دیگر پرویز فتاح، رئیس بنیاد در مرداد ۹۹ درآمدهای عملیاتی را ۳۶ هزار میلیارد تومان اعلام کرد که ۷ هزار میلیارد تومان آن بعد از پرداخت مالیات سود خالص است.
در مورد اقدامات مالی و گسترده قرارگاه خاتم آمار دقیقی در دست نیست اما بنا به آمار رسمی ۴۸ هزار نیروی انسانی و ۱۵۰ هزار پیمانکار با آن همکاری می‌کند و تنها در ماه ۲۰۰ میلیارد تومان حقوق در این قرارگاه پرداخت می‌شود. بنا به گفته فرمانده وقت این قرارگاه نزدیک به ۴۲ هزار میلیارد تومان مطالبه پیمانکاری از دولت دارد که نشان از حجم فعالیت‌های آن دارد. بنا به آمارهای موجود (با اینکه این آمار کامل نیست) دستکم قرارگاه خاتم الانبیاء در سال ۹۹ مشغول ۱۰۹ پروژه فعال است. برای درک دقیق‌تر میزان نفوذ و دسترسی قرارگاه به منابع مالی می‌توان به درآمد ۴۰ میلیاردی قرارگاه از تنها ۹ ابر پروژه اشاره کرد.
آرزوی حکومت اسلامی
«در اسلام مردم یک رکن مشروعیت‌اند، نه همه‌ی پایه‌ی مشروعیت. نظام سیاسی در اسلام علاوه بر رأی و خواست مردم، بر پایه‌ی اساسیِ دیگری هم که تقوا و عدالت نامیده می‌شود، استوار است. اگر کسی که برای حکومت انتخاب می‌شود، از تقوا و عدالت برخوردار نبود، همه‌ی مردم هم که بر او اتّفاق کنند، از نظر اسلام این حکومت، حکومت نامشروعی است؛ اکثریت که هیچ.» این بخشی از نگاه علی خامنه‌ای به نقش مردم است نقشی که او در آستانه ادوار انتخابات به شکلی دیگر از آن بهره می‌جوید. اما نگاه علی خامنه‌ای که تجربه خوبی در دوران ریاست جمهوری‌اش با نقش نخست وزیر نداشت و اختلاف‌های او با میرحسین موسوی گاه پای رهبر وقت جمهوری اسلامی را به میان کشید پس از سال‌ها بار دیگر از تغییر شکل نظام سخن به میان آورد. با اینکه علی خامنه‌ای صراحتا در سخنرانی خود گفته بود: «اگر احساس بشود که به جای نظام ریاستی مثلاً نظام پارلمانی مطلوب است هیچ اشکالی ندارد» اما بعدها اکبر هاشمی رفسنجانی سعی کرد تغییری در مسیر دیدگاه او ایجاد کند و گفت منظور خامنه‌ای این بوده که «در نظام ما بن‌بست نیست. یعنی کسی نباید فکر کند که بن بست داریم و اگر ما حتی بخواهیم نظام اداره کشور را تغییر دهیم، قانون اساسی را اصلاح و تغییر می‌دهیم.» اما بعد از این بود که علاءالدین بروجردی، رئیس وقت کمیسیون امنیت ملی مجلس تایید کرد که کمیسیونی برای بررسی «ایده رهبر جمهوری اسلامی» شکل گرفته بود که تا با مطالعه و کارشناسی روی این ایده گزارشی را برای علی خامنه‌ای تهیه کنند.
شاید مجموعه همین گزارش‌ها بود که علی خامنه‌ای را مجاب کرد تا در خرداد ۱۳۹۸ به صراحت بگوید «مشکلات نظام پارلمانی بیشتر از نظام ریاستی است». اما اذعان به این مهم موجب نشد که او به این فکر را از سر بیرون کند که رئیس جمهور را به تدریج تبدیل به کارگزار صرف نهاد رهبری کند. بازگشت به آنچه در ابتدای انقلاب اسلامی سال ۵۷ در سر برخی نویسندگان قانون اساسی بود که با وجود ولی فقیه کشور نیازمند «قوه رهبری» است که دولت و در واقع «قوه مجریه» تنها نهاد اجرایی امورات کشور تحت امر رهبر است. علی خامنه‌ای هم هر از چندی وقتی با بن‌بستی در نظام روبرو می‌شود به سراغ همین نگاه می‌رود. انتخابات ۱۴۰۰ البته نمادی از نگاه او به تغییر جایگاه رئیس جمهور است.
نکته جالب توجه در این نگاه علی خامنه‌ای اختلاف نگاه او در دوران ریاست جمهوری‌اش به روح‌الله خمینی در مورد جایگاه «حکومت اسلامی» بود. در واقع خامنه‌ای زمانی‌که خود مجری بود به خوبی از موانع نگاهی ولایی برای اداره جامعه با خبر بود اما در دوران رهبری‌اش به همان مسیری رفت که خمینی رفت. رهبر سابق جمهوری اسلامی در پاسخ به رئیس جمهوری وقت صراحتا تاکید داشت ««از بیانات جنابعالی [علی خامنه‌ای] در نماز جمعه [۱۱ دی ۱۳۶۶] این طور ظاهر می‌شود که شما حکومت را به معنای ولایت مطلقه‌ای که از جانب خدا به نبی اکرم واگذار شده و اهم احکام الهی است و بر جمیع احکام فرعیه تقدم دارد، صحیح نمی‌دانید و تعبیر به آن که این جانب گفته‌ام حکومت در چارچوب احکام الهی دارای اختیار است، به کلی بر خلاف گفته‌های اینجانب است.» خمینی در این نامه تاکید دارد که حکومت اسلامی «یکی از احکام اولیۀ اسلام» است و حتی آنرا مقدم‌تر از نماز و حج می‌داند.
خامنه‌ای که در سال‌های گذشته به دنبال تثبت نگاه «حکومت اسلامی» و بسط نظریه «اسلام سیاسی» است حالا به دنبال انتخابی برای نظام است که بتواند بر خلاف سال‌های گذشته چالشی نظری برای او نداشته باشد. چالش‌هایی که آرزوی دیرین خامنه‌ای را شاید محقق کند، آرزوی شکل‌گیری یک «دولت اجرایی» برای سیاست‌هایی که دفترش تعیین می‌کند.